Во-первых надо создавать не архив, а образ системного раздела (или всего диска в зависимости от задач), во-вторых чем создаёте? Надеюсь не архиватором?
Вам стоит почитать про логические диски. Они бывают первичными (основными) и расширенными (дополнительными). В последних создаются не активные разделы. В первых, когда они активны можно поставит ось (она их сама делает активными при установке) Кроме того следует изучить вопросы Главной загрузочной записи (MBR). Если её при создании раздела создали неправильно или не создавали вообще(что происходит если вы пользовались архиватором). То такой раздел загрузочным и активным не станет.
Рекомендую Acronis Disk Director. Кроме всего этого есть ещё понятие - драйвер контроллера жёсткого диска. Если система загружается и работает нормально, значит этот драйвер присутствует в системе и он правильный, то есть подходящий к данному контроллеру (устройству, через которое система общается с жёстки диском - управление, чтение, запись, удаление) Если при переносе винды контроллер на новой материнке будет другим, то драйвер от старого контроллера не увидит ваш хард через новый контроллер. Она просто не сумеет с ним договорится. Получите БСОД. Точнее сначала Бут Скрин оси (в хрюше - "паровозики", в семёрке 4-хцветные светлячки), а потом БСОД Так что проблем много, подробнее описывайте что и как (чем) делали.