Похоже, после прошивки BIOS у тебя просто слетели настройки и плата отключила сам SATA-контроллер, поэтому и пишет именно “SATA Port not present” (это обычно не “диски умерли”, а “порт выключен/не инициализирован”). Подсветка туда же: на MSI после обновления/сброса часто включается режим “всё LED off” или Mystic Light в ноль, особенно если раньше это управлялось MSI Center.
Полностью обесточь комп: выключи, выдерни кабель питания из БП, нажми кнопку питания на корпусе секунд на 10, потом сделай Clear CMOS (джампер JBAT1 или вынь батарейку минут на 5) и после старта зайди в BIOS и сделай Load Optimized Defaults. Дальше в BIOS пролезь в Settings → Advanced → Integrated Peripherals и проверь, что SATA Controller включён, SATA Mode стоит AHCI, а Intel VMD/RST отключён (если не ставил RAID и не знаешь что это). Сохранись, перезагрузи и проверь, исчезла ли надпись “not present”. Если порты всё равно “not present”, прошей BIOS ещё раз тем же файлом с флешки через M-Flash, а если есть возможность откатиться на предыдущую версию BIOS - откатись, потом снова Clear CMOS. Параллельно тупо проверь железо: крутятся ли/подают признаки жизни SATA-диски (вибрация/звук на HDD, индикатор на корпусе/адаптере у SSD), не отвалился ли SATA-питальник от БП и не сидят ли криво разъёмы в дисках.
Какая версия BIOS была и на какую обновился (прям цифры/дату)? И SATA-диски физически получают питание после включения, или вообще “мертвяк” без признаков жизни?