В биосе IDE отключить можно (есть строчка Not Installed), а SATA 2 почему-то нельзя (есть только 32Bit Data Transfer). В винде можно отключить второй HDD, но малваря, получив админские права, может включить втихаря второй HDD. У меня вторая винда для запуска прог из ненадёжных источников и хотелось бы чтобы проги никогда не могли получить доступ к другому HDD.
Гипервизор ставить не умею, никогда не делал.